Вы ищете внутренний HTML, а не входные данные.
Вот две вещи, которые вы могли бы сделать:
1, но не так красиво:
$$('li.litemd').pluck('checked').each(function(s) {
alert(s.up().innerHtml.split('/>')[1])
});
2, оберните текст в дополнительные div
<li class="litemd"><input type="checkbox" name="d1" /><div>Number One</div></li>
<li class="litemd"><input type="checkbox" name="d2" /><div>Numer Two</div></li>
<li class="litemd"><input type="checkbox" name="d3" /><div>Numer Three<div></li>
, а затем
$$('li.litemd').pluck('checked').each(function(s) {
alert(s.next().innerHTML)
});