Вопрос неполный, вы должны предоставить всю информацию, такую как краткое описание продукта, оборудование, которое вы хотите использовать. Но я думаю, вы портируете ядро Linux на какое-то встроенное устройство.
Для прикладной программы проще всего выполнить кросс-компиляцию кода из локальной системы для конкретной арки, а затем перенести двоичный файл во встроенный продукт.