Судя по всему, PDF достаточно хорошо сформирован.Таким образом, я подозреваю, что вам просто нужно установить соответствующий заголовок содержимого при выводе PDF через PHP, используя функцию header :
header('Content-type: application/pdf');
Примечание: это необходимо будет первым выводом из PHP - он не будет работать, если есть предшествующий HTML, пробел и т. Д.
В идеальном мире вы также устанавливаете длину контента и т. Д. С помощью...
header('Content-Length: '.filesize($pathToYourPDF));
... или ...
header('Content-Length: '.strlen($pdfData));
... если вы генерируете PDF программно.
ОБНОВЛЕНИЕ
Чтобы уточнить, Я подозреваю, что вам нужно изменить ваш window.open, чтобы читать вышеупомянутое непосредственно с URL-адреса, обслуживаемого PHP , чтобы вышеуказанное работало.(Не совсем уверен, почему вы не просто делаете это в первую очередь, но я думаю, что есть веская причина.)