IIS в Windows Server 2003 создан для обработки большого количества сайтов, поэтому количество сайтов само по себе не имеет значения. Потребности в ресурсах вашего приложения являются гораздо более важным фактором. Т.е. сколько он потребляет ресурсов ввода-вывода, процессора, потоков, базы данных?
У нас есть четырехъядерный сервер Windows Server 2003, с которым можно без проблем работать с несколькими сотнями сайтов. Но одно ресурсоемкое приложение может без проблем съесть целый сервер.
Если вы обнаружите, что ваше приложение связано с процессором, вы можете поместить каждый экземпляр в свой собственный пул приложений, а затем ограничить количество процессоров, которое может использовать каждый пул, чтобы ни один экземпляр не мог стать узким местом среди других.
Я предлагаю вам добавить несколько штук за раз и посмотреть, как это происходит.