Немного поздно, но я собираюсь оставить здесь ответ для следующего человека, который найдет этот пост.
В основном вам нужно добавить пару условий в правило перезаписи.Пример:
<rule name="Remove trailing slash" stopProcessing="true">
<match url="(.*)/$"/>
<conditions>
<add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsFile" negate="true"/>
<add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsDirectory" negate="true"/>
</conditions>
<action type="Redirect" redirectType="Permanent" url="{R:1}" appendQueryString="true"/>
</rule>