В зависимости от версии Python ответ на ваш вопрос может быть спорным, но после краткого изучения ConfigParser и ConfigObj я остановился на configparser, версии ConfigParser для Python 3. В PyPI также имеется версия с бэкпортом.
ConfigParser показался мне громоздким, может быть, даже - осмелюсь это сказать - не пифоническим, и с ConfigObj я столкнулся с эзотерической проблемой со списками (я предпочел бы иметь возможность выравнивать их по вертикали, поскольку у меня очень длинные) не помогло то, что последняя версия была опубликована более двух лет назад. API configparser, однако, выглядел так же изящно, как и ConfigObj (хотя и не настолько многофункциональный), и когда мы перейдем на Python 3, я, вероятно, смогу легко переключиться на встроенную версию.
Кстати, до сих пор это прекрасно работает.