Надеюсь, эта простая демка прояснит вам ситуацию.В индексе таблицы X будут установлены оба значения, а в индексе таблицы Y будет установлен только is_unique.
create table X (
id int CONSTRAINT x_is_unique UNIQUE
)
create table Y (
id int
)
create unique index y_is_unique on Y(id)
select name, is_unique, is_unique_constraint
from sys.indexes
where object_id in (object_id('X'), object_id('Y'))
and name is not null
drop table X
drop table Y