Итак, это веб-приложение, несмотря ни на что, верно? Задумывались ли вы над перспективой контроллера представления модели?
Что касается устаревших MasterPages, я сделал это на клиентском CRM-приложении и могу вас заверить, у вас не возникнет никаких проблем с загрузкой, если не считать обычных проблем с интернетом и скоростью сервера, и если вы считаете, что это лучший способ достижения или цели, пойти на это.
Каждая мастер-страница будет запускать свои события, и обычно мы думаем о да, 2 мастер-страницы плюс контент или несколько страниц контента могут быть проблемой, указывающими время загрузки, но на выполнение всего этого уходит миллисекунды, так что ... сейф.
единственное, о чем вам нужно позаботиться, это не упасть со всеми аддонами javascript, которые вы можете найти, выбрать симпатичную библиотеку и использовать только ее, JQuery (сейчас версия 1.3.0 будет лучшей выбор).
по крайней мере, это мое мнение:)