Причина в том, что ваше родительское приложение, вероятно, устанавливает это в web.config в разделе модулей или обработчиков, а система конфигурации IIS в IIS 7+ использует распределенную / иерархическую систему конфигурации, поддерживающую файлы web.config.
В этом случае дочернее приложение web.config наследует все настройки от родительского web.config. К сожалению, ASP.NET использует каталог / bin только для каждого приложения, и его необходимо включить в корневой каталог, что означает, что, поскольку вы, вероятно, развертываете DLL в каталоге / bin родительского приложения, дочернее приложение не знать что-нибудь об этом.
Вы можете изменить родительский файл web.config так, чтобы он использовал тег местоположения, и установить значение атрибута attributeitInChildApplications, чтобы он не мог наследоваться в дочернем приложении: http://forums.iis.net/t/994377.aspx