если используется wsgi, укажите путь к желаемой установке django в файле django.wsgi
.например,
import os
import sys
os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'settings'
sys.path[:0] = ['/path/to/django/version/','/path/to/project/']
import django.core.handlers.wsgi
application = django.core.handlers.wsgi.WSGIHandler()
Если modpython, то указать путь в файле конфигурации apache
PythonPath "['/path/to/django/version','/path/to/project'] + sys.path"
Документы могут помочь: http://docs.djangoproject.com/en/dev/howto/deployment/modpython/