Тот факт, что CETK работает, это красная сельдь. Он использует другой транспорт (PlatMan), поэтому, работает он или нет, на самом деле не имеет значения, будет ли работать управляемое приложение (которое использует CoreCon).
Студийная отладка очень надежна при условии у вас есть правильные и одинаковые версии CoreCon на рабочем столе и на устройстве. Вы обновили до последней версии пакета обновления Studio? У цели уже есть CoreCon на этом? Целевая версия CoreCon совпадает с целевой версией ПК для разработки? У вас есть CF 3.5 только на цели, или 2.0 также установлен? Это та же версия SP, что и у вас на ПК?