Нет JPA и EJB вообще не связаны, они полностью независимы. JPA не встроен в EJB. Javaee-api 6, который является контейнером JAVA EE 6, дает вам код для EJB 3 и JPA 2. +. Для реализации EJB3 вы можете использовать weblogic или JBoss или любой контейнер приложения. Для реализации JPA вы можете использовать hibernate, OpenJPA и т. Д.
<dependency>
<groupId>javax</groupId>
<artifactId>javaee-api</artifactId>
<version>6.0</version>
</dependency>