У меня была та же проблема, несмотря на то, что имена пакетов были разными в обоих APK.
В конце мне пришлось изменить GRADLE файл:
\ приложение \ build.gradle
следующая строка:
applicationId "name.to.change"
В Android Studio 3 вы найдете эту конфигурацию в: