Конечно, вы можете поместить метаданные в заголовок файла.Но это немного сложно, и если формат файла уже содержит заголовок для метаданных (что, кажется, имеет место в данном случае, если вы не можете вставить его в поле описания .npy, кажется, имеет), это означает, что вы неиспользуя формат .npy, но вы можете прочитать только свой собственный формат.
Рассмотрите возможность сохранения метаданных в файлах с тем же именем файла, но с окончанием .meta.
foobar.npy
foobar.meta
или
foobar.npy
foobar.npy.meta
Таким образом, вы значительно упрощаете формат файла и обработку файла.