Предполагая, что у вас есть MATLAB, вы можете прочитать справочную статью об их API-интерфейсе MAT-файла.
В противном случае существуют различные программы чтения файлов с открытым исходным кодом. Если необходимо, я уверен, что кто-то может найти их для вас.