Я бы использовал интеграцию служб вашей операционной системы для этого. Например, в Debian Linux есть start-stop-daemon. На окнах есть сервис управления.
Это проверенный, хорошо интегрированный способ, предоставляемый самой операционной системой, для поддержания работы приложения.
Просто сделайте, чтобы ваша программа установки зарегистрировала ваш сервис в собственной системе управления сервисами.