Если вы знаете страницу, возьмите изображение страницы:
PdfImportedPage page = writer.getImportedPage (reader, pageNum);// получить страницу PDF Image img = Image.getInstance (page);// обернуть его в объект изображения
Оттуда преобразовать изображение в байтовый массив и получить цвет по вашей координате.