Я могу подтвердить некоторые проблемы, перечисленные на странице Red Hat.
У нас были проблемы с использованием HSQLDB в качестве отдельного экземпляра в контейнере Tomcat. Приложение не будет корректно завершать работу и зависать на 100% процессоре. Однако было исправление кода.
У нас также были проблемы, когда некоторые данные были потеряны после принудительного уничтожения сервера. Я не мог достоверно воспроизвести ситуации.
У меня также есть странность, что я не могу одновременно запустить несколько экземпляров одного и того же приложения с использованием HSQLDB.
Вам необходимо оценить наличие автономной БД в памяти - правильный выбор. Если важны согласованность и целостность, HSQLDB может оказаться неправильным выбором.