Вы уверены, что задаете правильный вопрос?
Нет новой версии .NET Runtime для цели. Если у вас есть 3.0 или 3.5 Framework, ваш IIS по-прежнему будет отображать 2.0, так как он выполняется, потому что 3.0 и 3.5 отличаются только классами Framework и компилятором от приложения 2.0!
В вашей конфигурации IIS вы должны видеть только платформы 1.X и 2.0.
Редактировать: переключение целей происходит только при компиляции приложения. Потому что 2.0, 3.0 и 3.5 все работают в одной .NET Runtime Environment 2.0 (VM).
Вам все еще нужно установить дополнительные платформы, потому что их API отличается, но все они работают на одном и том же наборе инструкций на промежуточном языке.