Абсолютный путь должен работать.На html-странице не имеет значения, где находится файл, если он может сопоставить файл с его местоположением.Единственная проблема будет в том случае, если javascript будет размещен в другом домене, поскольку могут возникнуть проблемы с безопасностью, из-за которых он не будет работать.
Для HTML-документа в корне сайта следующие пути будут идентичны:
/ scripts / file.fla scripts / file.fla
в html-файл, который находился в папке 1 уровня выше:
/ scripts / file.fla ../scripts/file.fla
Я бы еще раз проверил все ваши ссылки, чтобы убедиться.Вы пробовали смотреть, используя Firebug или инструменты разработчика Chrome?Они должны показывать любые 404, которые показывает страница, поэтому, возможно, она не может достичь определенного файла.