Я расскажу об этом в своей статье о автоматизации процесса объединения / минимизации в Visual Studio .
Чтобы ответить на ваш конкретный вопрос, вы можете проверить флаг IsDebuggingEnabled, чтобы определить, находитесь ли вы в режиме отладки или выпуска, и, соответственно, создать разные ссылки на сценарии. Например, это из примера статьи:
<% if (HttpContext.Current.IsDebuggingEnabled) { %>
<script type="text/javascript" src="js/01-jquery-1.3.2.debug.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/05-jquery-jtemplates.debug.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/10-default.debug.js"></script>
<% } else { %>
<script type="text/javascript" src="js/js-bundle.min.js"></script>
<% } %>