Предполагая, что он установлен, просмотр статистики APC (скопируйте apc.php из того места, где он установлен в защищенное место в вашем DOCROOT), вероятно, даст вам общее представление или, по крайней мере, начало того, что на самом деле является память боры.
Я оставлю это другим, чтобы прокомментировать, будет ли объединение файлов иметь реальный эффект. Я никогда по-настоящему не описывал это, но сомневаюсь, что это многое сделает. Моя интуиция говорит мне, что отключение неиспользуемого ядра и модулей contrib будет самой большой экономией памяти.
Возможно, вы захотите воспроизвести параметр конфигурации apache MaxMemFree, чтобы узнать, является ли ваш 48МБ постоянным или ваши процессы Apache настолько велики из-за периодических переполнений памяти (например, при обработке больших загрузок).