Если вы хотите сохранить свои конфиги в git-репо, вы можете использовать ветвление.Сначала убедитесь, что конфиденциальная информация удалена из истории репо.Затем вы идете в свою основную ветку (master) и создаете новую ветку с именем heroku.Вы помещаете свои конфиги в ветку heroku и держите эту ветку локальной.Вы никогда не толкаете его в github.Всякий раз, когда вы хотите развернуть, вы извлекаете ветку heroku, объединяете мастер изменения и нажимаете на heroku.