Если у вас есть такие радиостанции, как:
<input type="radio" id="radio1" name="same-radio-name" />
<input type="radio" id="radio2" name="same-radio-name" />
Итак, чтобы проверить второй и снять первый:
$('#radio2').attr('checked', true);
Viceversa:
$('#radio1').attr('checked', true);
Просто еще одна мысль, вы используете радио в качестве JQuery UI кнопки?Если это так, вам также может потребоваться обновить его как:
$('#radio1').attr('checked', true).button("refresh");