Если вы используете windows
, вероятно, Tomcat работает как служба.
Control Panel -> Administrative Tools -> Services -> Find Apache Tomcat 6
Щелкните правой кнопкой мыши и выберите свойства
Тип запуска: измените его на ручной и нажмите кнопку остановки.
нажмите, ок и закройте все окна.
Теперь вы можете запускать tomcat из IDE eclipse без изменения портов.