Это можно сделать с помощью команды sed:
sed -i "1i #!/bin/bash" *.sh
sed
: имя команды -i
: опция sed для редактирования файла на месте 1
: номер строки i
: выполнить вставку перед номером строки, указанным перед #!/bin/bash
: добавляемый шебанг *.sh
: чтобы это работало на всех .sh файлах