Если у вас есть на то веские основания: да. Такой причиной может быть то, что обе платформы имеют разные особенности. Очевидно, что вы должны использовать только стабильные фреймворки, у которых нет известных проблем вмешательства в другие фреймворки (или предоставить способ избежать помех, как это делает jQuery с методом noConflict) ...
В любом случае, поиск в каталоге плагинов jQuery ( plugins.jquery.com ) может быть плохой идеей, чтобы увидеть, есть ли что-нибудь доступное, например, Raphael, или, возможно, плагин, который интегрирует Raphael с jQuery перед объединением сами два ...