Боюсь, я ничего не знаю.
Для хранения на жестком диске я могу порекомендовать только STXXL , в котором предлагаются контейнеры STL и алгоритмы, адаптированные к данным, которые могут поместиться только на диск. В них реализовано много вещей, обеспечивающих более плавное манипулирование, в основном за счет максимально возможного кэширования в памяти и, по возможности, задержки доступа к диску.
Теперь это не даст вам мультииндекса, но по крайней мере у вас будет STL:)
Затем, если вы уверены, что вы можете портировать мультииндексирование, чтобы использовать средства, предоставляемые STXXL: они декоррелировали кэширование доступа / ввода-вывода в самих контейнерах.
Или вы можете просто написать то, что вам нужно, на основе их STL-совместимых контейнеров.