Я понимаю, что этот вопрос задавался давно, но в случае, если кто-то еще наткнется на это здесь, правильный ответ:
В MacVim 7.3 pwd устанавливается в каталог первого открытого вами файла.Это поведение было изменено в Снимке 55, где pwd никогда не изменяется для уже открытого окна.Вы можете загрузить снимок (и увидеть изменения с версии 7.3) отсюда:
http://github.com/b4winckler/macvim/wiki/ChangeLog
Примечание: 'autochdir' не имеет к этому никакого отношения и не является ошибкой в PeepOpen.