Что именно вы тестируете?Логика?Конфигурация?Вам нужно проверить классы EJB напрямую?Достаточно ли будет, чтобы ваши тесты вели себя как EJB-клиент против работающего контейнера?(Помните, что нет правила, согласно которому автоматизированные модульные тесты не должны требовать запуска тестируемой системы.)
Если вам нужно протестировать бизнес-логику, переместите этот код в POJO и протестируйте в обычном режиме;тогда вам не нужно будет тестировать POJO, работающие в контейнере, так как контейнер не должен влиять на бизнес-логику.
В подобной ситуации я никогда непосредственно не тестировал JUnit класс сервлета или StrutsКонтроллер класса.Я определенно проверяю POJO, от которых они зависят, и тестирую конечное приложение (работающее в контейнере сервлета, протестированное с помощью HtmlUnit), предполагая, что если конечное приложение работает, то и сантехника работает.