Просто откройте файл: memory: и он должен это сделать (по крайней мере, в PHP).
Вы упоминаете, что хотите прочитать несколько плоских файлов и присоединиться к ним. Если возможно сохранить плоские файлы как базы данных SQLite, вы можете напрямую работать с обоими, прикрепив один к другому:
ATTACH foo.db AS foo
Затем обратитесь к таблицам в foo следующим образом:
SELECT * FROM foo.users
Таким образом, вы можете выполнять свои объединения без необходимости создания базы данных в памяти.