Вы можете запустить IE в режиме без дополнений.Я думаю, что для этого есть ключ командной строки.Проверьте, что делает ссылка в разделе Программы -> Стандартные -> Системные инструменты.
Вы можете удалить регистрацию COM Silverlight из реестра.Тогда IE не сможет его создать.
Могут быть и другие решения.