Вы можете указать пароль в командной строке, как указали другие. Что касается запуска его из Java (хотя пуристы могут возражать), вы можете использовать Runtime.exec (), чтобы просто вызвать команду mysql: http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Runtime.html.
Если вы делаете это из своего Java-приложения, вы также можете подумать не о том, чтобы делать это периодически. В зависимости от использования вашей базы данных (например, частые чтения, но нечастые записи), вы можете обнаружить, что вы можете создавать дамп только тогда, когда знаете, что база данных была изменена или что-то в этом роде.
Если вы действительно хотите периодически выгружать базу данных, возможно, вам лучше настроить cron-job. Вот предыдущая статья о подходе Windows к cron: Какая версия cron для Windows? .