В случае, если кто-то столкнется с той же проблемой, я выбрал простое решение корневой проблемы - показать диалог настроек.
Даже при отсутствии пользовательских настроек уровня приложения все еще оставались панели настроек, добавленные с помощью плагинов справки.
При текущей реализации org.eclipse.ui.internal.carbon.CarbonUIEnhancer,
пункт «Предпочтения» меню приложения требует и выполняет пункт меню настроек в других местах меню (например, ActionFactory.PREFERENCES).