После долгих проб и ошибок вот что я нашел:
Ситуация: у меня есть контроллер с одним веб-потоком. На первом этапе веб-потока используется объект команды. (Граальс 1.3.1)
1) Команда и Webflow в одном файле; Сначала команда: все работает, но контроллер не будет автоматически перезагружаться при сохранении.
2) Команда и Webflow в одном файле; Сначала веб-поток: не работает - исключение сериализации, возникающее при попытке отобразить страницу, которая ссылается на объект команды.
3) Команды и Webdlow в разных файлах: все работает и контроллер автоматически перезагружается.
Пока я просто храню все в отдельных файлах. Если у кого-то есть понимание того, почему это поведение проявляется, я весь слух.