Вы не должны иметь возможность копировать dll, которая используется запущенным процессом. Для того, чтобы заменить dll, он должен быть помечен для удаления и заменен при следующей перезагрузке. Если вы хотите сделать это вручную, вам нужно будет остановить процесс.
Если вы можете скопировать его - тогда dll не используется, как вы подозреваете, если он запаздывает, то вы могли бы скопировать его во время, когда процесс не блокируется активно - и, если внутренняя часть dll не оказывает какого-либо негативного влияния на активный процесс, все должно быть в порядке.
Конечно, ничего не зная ни о рассматриваемой dll, ни о внутренностях, ни о стандартах программирования, использованных при разработке dll - я не смог бы сказать, так или иначе.
Однако будьте осторожны, копирование любой библиотеки DLL может оказать неблагоприятное воздействие на приложения, которые на нее полагаются, включая вашу операционную систему.