Как вы вставляете файлы Latin-1 на страницу?Если вы загружаете их как текст, а затем включаете их как текст, тогда я надеюсь будет выполнено соответствующее преобразование для вас.Если вы просто включаете файлы без какого-либо преобразования, это действительно будет проблемой.
Я не знаю, что PHP использует в качестве своего внутреннего текстового формата (например, Unicode), но если вы можете использовать это какпромежуточное кодирование, все должно быть в порядке.