Вы можете получить все три, переименовав файл по-разному в каждой ветви.
git init
touch foo
git add foo
git commit -m 'initial commit'
git checkout -b tmp
git mv foo X
git commit -m 'rename to X'
git checkout -
git mv foo Y
git commit -m 'rename to Y'
git merge tmp
Теперь у вас есть все три состояния.
$ git status
# On branch master
# Unmerged paths:
# (use "git add/rm ..." as appropriate to mark resolution)
#
# added by them: X
# added by us: Y
# both deleted: foo
#
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")