Сохраняйте скрытое текстовое поле на своей странице, и каждый раз, когда вы устанавливаете флажок, вызывайте метод javascript, который будет записывать 'id' флажка в скрытое поле. Каждый раз, когда вы отправляете свою страницу обратно, сериализуйте значение скрытого поля в сеансе в нужной структуре объектов (будь то объекты, хеш-таблица, массив и т. Д.).
После рендеринга страницы каждый флажок может проверить структуру объекта сеанса (который вы создали ранее) и определить, был ли последний флажок проверен или нет.
Вы можете использовать JQuery для обхода всех флажков на странице и увеличения счетчика, если флажок установлен.