Чрезвычайно опасно помещать приложения в crontab root, если ящик не защищен от хакеров.Если случайно кто-то заменит двоичные файлы (включая библиотеки), вы ушли!
Лучшим способом было бы сократить все файлы, к которым двоичный файл обращается к непривилегированному пользователю, и запускать задание как непривилегированный пользователь.
Ни один из двоичных файлов, используемых приложением, не должен быть доступен для записи никем, кроме root.