Я удалил свой оригинальный код из /etc/httpd/conf/httpd.conf и добавил его в свой vhost.conf в этом домене
<Directory "/var/www/rockchurch.com/httpdocs">
AddOutputFilterByType DEFLATE html txt xml css js php
BrowserMatch ^Mozilla/4 gzip-only-text/html
BrowserMatch ^Mozilla/4\.0[678] no-gzip
BrowserMatch \bMSIE !no-gzip !gzip-only-text/html
php_admin_value open_basedir none
php_admin_value safe_mode off
Options FollowSymLinks
</Directory>
<Directory "/var/www/rockchurch.com/httpdocs/tiny">
RemoveOutputFilter DEFLATE html txt xml css js php
</Directory>
И работает хорошо.Очевидно, наличие этого в /etc/httpd/conf/httpd.conf универсально добавляет его ко всем доменам, что замечательно, но его нельзя изменить в определенных каталогах где-либо еще.