Я думаю, что это даст вам все классы, на которые есть ссылки в загруженной онтологии:
String ontologyUri = "http://mysite.com/my_ontology.owl";
OWLOntologyManager manager = OWLManager.createOWLOntologyManager();
OWLOntology ontology = manager.createOntology(IRI.create(ontologyUri));
Set <OWLClass> classes = ontology.getClassesInSignature();
Затем вы можете обработать / отфильтровать / найти все, что вам нужно в этом наборе OWLClass
.