Вы можете добавить еще одно условие перезаписи, например:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^whitelisted-directory/.*
но эффективнее и проще просто добавить одно правило записи, которое ничего не делает выше, и объявить его наконец так:
RewriteRule ^(whitlistet-directory1|whitelisted-directory2) - [L]