У меня была точно такая же ошибка, и это было связано с пользовательской страницей ошибок .NET 2.0, на которую ссылалось мое приложение .NET 4.0.
Я создал пользовательскую страницу ошибок, которая была разработана в.NET 2.0 и он был применен на верхнем уровне веб-сайта IIS.
Приложение .NET 4.0 использовало уникальную схему маршрутизации URL-адресов MVC, и по какой-то причине только это приложение продолжало блокироваться, и в итоге возникали ошибки взаимоблокировки.
Я избавился от пользовательской настройки страницы ошибки, которая указывала на веб-страницу .NET 2.0, и переключил ее на статическую ошибку по умолчанию «Не найдено».Я перезапустил пул приложений, и веб-страница начала работать без проблем.
Надеюсь, это поможет кому-то еще.
http://adamantinewolverine.blogspot.kr/2012/10/running-iis6-in-32-bit-mode-on-64bit.html