Очевидно, способ использования параметров профиля Firefox изменился в Selenium WebDriver.
Старая командная строка (Selenium RC):
java -jar selenium-2.28.0.jar -firefoxProfileTemplate ~/.mozilla/firefox/3knu5vz0.selenium
Обновлено для WebDriver:хочет профиль имя , а не каталог)
java -jar selenium-2.28.0.jar -Dwebdriver.firefox.profile=selenium