Спасибо, Джим.Это делает трюк.
Для пользователей Mac вы должны перейти в папку / Applications / Netbeans / Netbeans 6.9.1.app , а затем до
Contents/Resources/NetBeans/javafx/javafx-sdk/profiles.
Я изменил профиль рабочего стола и после перезапуска Netbeans предупреждения исчезли.