В соответствии с инструкциями вам необходимо открыть application/bootstrap.php
в текстовом редакторе, чтобы внести запрошенные изменения. Посещение его в вашем браузере, вероятно, дает вам это сообщение, потому что в верхней части файла Kohana появляется строка
defined('SYSPATH') or die('No direct script access.');
или что-то подобное. Это используется во многих проектах PHP для предотвращения взлома файла, который должен быть включен только.