Это проблема времени, потраченного на монитор.Или (скорее на мой взгляд) время, потраченное , пока блокировка удерживается?Если вам нужно защитить часть кода JNI, то вы там один поток, так что это может стать узким местом.
Можете ли вы каким-либо образом минимизировать критический раздел?Можете ли вы переписать код для обеспечения многопоточности?