Поместите его в раздел CDATA:
<script type="text/javascript">
/* <![CDATA[ */
$.tmpl( '<li id="${id}">something</li>', myData )
/* ]]> */
</script>
В XHTML (при условии, что вы подтвердите как XHTML) <script/>
определяется как # P (arsed) C (характер) DATA , поэтому его содержимое будет проанализирован и возникнет ошибка. Если вы поместите его в раздел CDATA, парсер его проигнорирует.