Вы не можете поместить «.project» вне корня проекта, поскольку корнем проекта является папка, в которой находится «.project». Что вы можете сделать, так это определить проект в другом месте как свои источники и создать связанные папки, чтобы связать свои источники с вашим проектом.
Если вы создаете новую папку, в диалоге появляется кнопка «Дополнительно». Если щелкнуть по нему, появится флажок «Ссылка на папку в файловой системе». Здесь вы можете связать папки с вашим проектом, которые не находятся в папке проекта. Я полагаю, что это тот эффект, которого вы хотите достичь.